Les diatomées sont aussi appelées Bacillariophycées, ce nom évoquant leur forme ( du latin : bacillus = bâtonnets). Il existe environ 100000 espèces décrites.

Les diatomées vivent partout, en aquatiques dans les eaux salées, saumâtres et douces et en aréophiles dans des ambiances humides (touffes de mousses au pied des arbres, sols humides, entrées de grottes). Classées parmi les algues brunes, elles sont microscopiques et unicellulaires et leur taille varie de quelques micromètres à plus de 500 micromètres (= 500 millièmes de mm soit 1/2 mm).

Le lagunage consiste à établir un écoulement lent des eaux polluées dans plusieurs bassins imperméables où agissent simultanément des bactéries qui minéralisent la matière organique en nitrates et phosphates et des végétaux (algues ou microphytes et plantes à fleurs ou macrophytes) qui résorbent ces nutriments. Ainsi, l'épuration prend plus de temps que dans une station d'épuration bactérienne mais elle est plus complète et réduit le risque d'eutrophisation dans le cours d'eau récepteur

Petits animaux vivant au fond de la rivière (sur et dans les sédiments) : larves d'insectes, mollusques, crustacés, etc. Ils constituent une part importante de l'alimentation des niveaux trophiques supérieurs (poissons, oiseaux) et permettent de calculer des indices de qualité biologique des cours d'eau.
Ils sont utilisés dans les études écologiques et toxicologiques car ils :
- sont représentatifs du milieu ;
- ont des exigences écologiques variées et les sources de contamination sont multiples ;
- présentent une grande diversité physiologique ce qui leur confère des sensibilités différentes aux toxiques ;
- leur manipulation est aisée.

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